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update.rb を動かすのに ~/.rvm/bin/ruby-1.9.1-p378 を使っていたら、中身が bash スクリプトで PATH に ~/.rvm/rubies/ruby-1.9.1-p378/bin も足されてしまっていて、concov 用パッチをあてた chkbuild も ruby 1.9.1 で動いていて、途中で止まってしまっていた。 勝手に環境変数を設定している rvm もひどいけど、concov 用パッチをあてた chkbuild が ruby 1.9 で動かないのも問題がありそう。
結局 ~/.rvm/bin/ruby-1.9.1-p378 ではなく ~/.rvm/rubies/ruby-1.9.1-p378/bin/ruby で update.rb を動かせば問題なく動いた。